No filme, o herói está de volta de suas férias, mas com sua vida agora totalmente caótica, ele tenta escapar de tudo isso ao se inscrever no programa de treinamento Imersão Alienígena Total. Mas Ben não sabe que imersão total significa que ele não pode mais se transformar em sua forma humana de novo.De volta à Terra e preso a suas formas alienígenas, Ben se torna o alvo de um novo alienígena diabólico, Mechamorph Warrior, e agora se empenha em uma batalha mortal pelo planeta onde nada é o que parece ser.

Gwen e Vô Max estavam acorrentados de cabeça para baixo enquanto Ben como Chama tem que salvá-los e sobrecarrega a bomba de DNA do Dr. Animal e lança uma onda de DNA que deixa o Omnitrix em modo de auto destruição.Quando Ben estava dormindo, Tetrax aparece mas ele não faz idéia de como desativar o Omnitrix.Então eles rastream a assinatura de Myaxx, mas pensam que era de Azmuth e que ele estava em Carcegon, o planeta prisão.Ben encontra Myaxx pensando que ra Vilgax e usa Ultra Berto para atacar só que ele descobre que era Myaxx.Eles vão atrás de Azmuth e tira o Omnitrix da tomada, mas Ben não sabia e Azmuth acabou botando na tomada de novo, e deu um novo alien chamado Gigante para Ben, que joga Vilgax para o espaço.